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adammoore [Structural Assessments]
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-==== Biological Samples and DNA =====+==== Structural Assessments ​====
 ---- ----
-=== Biological Samples === 
  
-Biological samples ​were collected ​for the first time in [[questionnaires:1999|1999]]+At age 60-64, study members ​were invited, ​for the first time, to undergo a series of clinic-based structural and functional assessments at one of six Clinical Research Facilities (CRFs). ​ Full details can be found in the ([[http://​ije.oxfordjournals.org/​content/​40/​1/​e1.full?​keytype=ref&​ijkey=REa6LbwBFTU9SH8|cohort profile paper]]) and a summary of the measures is shown below.
-non-fasting blood samples were used to measure indicators of risk +
-factors for cardiovascular disease (cholesterol,​ HDL, LDL, +
-triglyceride and glycoslated haemoglobin) and nutritional markers (red +
-cell folate, plasma folate, plasma vitamin B12 and plasma ferritin).+
  
-The samples also include a blood sample and a cheek swab from which 
-DNA was derived. ​ A further sample was taken and stored for future 
-cell line cultures. ​ Blood was taken using standard phlebotomy 
-techniques using the BD vacutainer system. 
  
-Stored biological samples available from [[questionnaires:​1999|1999]] comprise of EDTA plasma, 
-lithium heparin plasma, cell lines, and DNA.  The following tables list the current data available from these samples. 
  
-      Table 1 - Measurements taken in NSHD at 60-64 years                           ^^ +     Measurements taken in NSHD at 60-64 years                           ^^ 
-|**Cardiovascular assessment** ​                                                    ​|Vascular structure and function: carotid intima-medial thickness (IMT) and arterial distensibility (GE Vivid-I), carotid/​femoral pulse wave velocity (Vicorder) and central blood pressure and pulse wave analysis (Sphygmocor)\\ \\ Cardiac structure and function: echocardiography (GE Vivid-I). Images from parasternal long axis and short axis views, apical 5-chamber, 4-chamber, 3-chamber, 2-chamber and aortic views (plus conventional and tissue Doppler in 4-chamber view).\\ \\ Brachial blood pressure (Omron HEM-705), 12 lead ECG (Burdick Eclipse 850i), including 6 minute heart rate and respiration recordings by ECG for heart rate variability measurements. ​                                                                                                                                                                          | +|**Cardiovascular assessment** ​                                                    ​|Vascular structure and function: ​**carotid intima-medial thickness** (IMT) and **arterial distensibility** (GE Vivid-I), carotid/​femoral ​**pulse wave velocity** (Vicorder) and central blood pressure and **pulse wave analysis** (Sphygmocor)\\ \\ Cardiac structure and function: ​**echocardiography** (GE Vivid-I). Images from parasternal long axis and short axis views, apical 5-chamber, 4-chamber, 3-chamber, 2-chamber and aortic views (plus conventional and tissue Doppler in 4-chamber view).\\ \\ **Brachial blood pressure** (Omron HEM-705), 12 lead **ECG** (Burdick Eclipse 850i), including 6 minute heart rate and respiration recordings by ECG for **heart rate variability** measurements. ​                                                                                                                                                                          | 
-|**Musculoskeletal assessment** ​                                                   |DXA (QDR 4500 Discovery): Hip (total, femoral neck, trochanter, Ward’s), lumbar spine (L1-4), whole body & region BMD, fat & lean mass, vertebral fracture assessment, aortic calcification score\\ \\ pQCT (Stratec XCT 2000) radius: 4% site(trabecular,​ cortical and subcortical BMD), 50% site (endosteal/​periosteal circumference,​ cortical CS area & thickness, BMC & BMD, CS muscle & fat area, stress strain index, moment of inertia) ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |+|**Musculoskeletal assessment** ​                                                   |**DXA** (QDR 4500 Discovery): Hip (total, femoral neck, trochanter, Ward’s), lumbar spine (L1-4), whole body & region BMD, fat & lean mass, vertebral fracture assessment, aortic calcification score\\ \\ **pQCT** (Stratec XCT 2000) radius: 4% site(trabecular,​ cortical and subcortical BMD), 50% site (endosteal/​periosteal circumference,​ cortical CS area & thickness, BMC & BMD, CS muscle & fat area, stress strain index, moment of inertia) ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
 |**Tests of functional capacity, biological function and anthropometric measures**|Verbal memory, search speed and concentration,​ simple and choice reaction time, standing balance, grip strength, chair rises, get up and go test, spirometry\\ \\ Standing and sitting height, weight, chest, upper arm, waist & hip circumference. ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | |**Tests of functional capacity, biological function and anthropometric measures**|Verbal memory, search speed and concentration,​ simple and choice reaction time, standing balance, grip strength, chair rises, get up and go test, spirometry\\ \\ Standing and sitting height, weight, chest, upper arm, waist & hip circumference. ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |
 |**Assessment of free-living physical activity** ​                                  |Five continuous days by combined heart rate and movement sensor (Actiheart) with individual calibration. ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     | |**Assessment of free-living physical activity** ​                                  |Five continuous days by combined heart rate and movement sensor (Actiheart) with individual calibration. ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |
 |**Cardio-respiratory fitness** ​                                                   |Heart rate response to an incremental step test                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | |**Cardio-respiratory fitness** ​                                                   |Heart rate response to an incremental step test                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
-|**Overnight fasting 50ml blood sample** ​                                          ​|//​See ​table 2 for details of sample observations// ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |+|**Overnight fasting 50ml blood sample** ​                                          ​|//​See ​[[biologicalsamples|biological samples]] ​for details of sample observations// ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
 |**Overnight fasting urine sample** ​                                               |Dipstick, spun and unspun aliquots stored at -80°C and -20°C ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 | |**Overnight fasting urine sample** ​                                               |Dipstick, spun and unspun aliquots stored at -80°C and -20°C ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 |
 |**Salivary samples** ​                                                             |One salivary sample was collected at the visit and a further three in the following 24 hours (evening, next day waking, and 30 minutes later). ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               | |**Salivary samples** ​                                                             |One salivary sample was collected at the visit and a further three in the following 24 hours (evening, next day waking, and 30 minutes later). ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
-|**Scales or questions** ​                                                          |Rose angina, intermittent claudication,​ bronchitis, chest pain, doctor diagnosed CVD events and test for chest pain/heart disease, osteoarthritis symptoms, back pain, knee injuries, functional limitations,​ fracture history, prescribed and non-prescribed regular medication, hospital admissions, day surgery, outpatients\\ \\ Dietary and alcohol assessment (5-day diary), CAGE, smoking, physical activity assessment (EPAQ2), GHQ28, the Close Person Questionnaire,​ life events, SF36, Edinburgh wellbeing scale, life satisfaction,​ neighbourhood satisfaction,​ spare time activities, parental death, time spent caring for others, updated marital and fertility histories\\ \\ Household income and sources, perceived financial hardship, periods of unemployment,​ household size and housing tenure, own/​partner’s occupation and work status|+|**Scales or questions** ​                                                          |Rose angina, intermittent claudication,​ bronchitis, chest pain, doctor diagnosed CVD events and test for chest pain/heart disease, osteoarthritis symptoms, back pain, knee injuries, functional limitations,​ fracture history, prescribed and non-prescribed regular medication, hospital admissions, day surgery, outpatients.\\ \\ Dietary and alcohol assessment (5-day diary), CAGE, smoking, physical activity assessment (EPAQ2), GHQ28, the Close Person Questionnaire,​ life events, SF36, Edinburgh wellbeing scale, life satisfaction,​ neighbourhood satisfaction,​ spare time activities, parental death, time spent caring for others, updated marital and fertility histories.\\ \\ Household income and sources, perceived financial hardship, periods of unemployment,​ household size and housing tenure, own/​partner’s occupation and work status.|
  
-\\ +\\ \\  
 +At age 68-70, accelerometry data corresponding to normal daily physical activity were obtained as part of the [[https://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​pmc/​articles/​PMC5306163/​|VIBE]] study. 
 + 
  
- 
-^       Table 2  - Biomarkers available at age 53 and 63. Biomarkers highlighted in bold are not present in other UK birth cohorts ​  ^^^ 
-^System ​            ​^Biomarkers at 53 yrs                               ​^Biomarkers at 63 yrs                               ^ 
-|**Metabolic** ​         |Cholesterol,​ Total (mmol/​L) ​                       |Adiponectin (μg/​mL) ​                               | 
-| :::               ​|Cholesterol,​ High density Lipoprotein,​ HDL (mmol/​L)|Cholesterol,​ Total (mmol/​L) ​                       | 
-| :::               ​|Cholesterol,​ Low density Lipoprotein,​ LDL (mmol/L) |Cholesterol,​ High density Lipoprotein,​ HDL (mmol/L)| 
-| :::               ​|Triglycerides (mmol/​L) ​                            ​|Cholesterol,​ Low density Lipoprotein,​ LDL (mmol/L) | 
-| :::               ​|Glycated Haemoglobin,​ HbA1c (mmol/​mol) ​            ​|Triglycerides (mmol/​L) ​                            | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Glucose (nmol/​L) ​                                  | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Insulin (pmol/​L) ​                                  | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Leptin (ng/​mL) ​                                    | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Lipoprotein[a] (mg/​dL) ​                            | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Proinsulin (pmol/​L) ​                               | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Glycated Haemoglobin,​ HbA1c (mmol/​mol) ​            | 
-|**Diet & Iron Markers**| ​                                                  ​|Ferritin (ng/​mL) ​                                  | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Haemoglobin,​ Hb (g/L)                              | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Iron (μg/dL) **                                 | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Vitamin C (μmol/​L) ​                                | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Vitamin D3 (250HD3) (ng/​mL)† ​                      | 
-|**Inflammatory** ​      ​| ​                                                  |** Anti-Thyroperoxidase,​ TPO (IU/mL) **            | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Basophils (x109/​L) ​                                | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|C-Reactive Protein, CRP (mg/​L) ​                    | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Eosinophil (x109/​L) ​                               | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Fibrinogen (g/L)                                   | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Homocysteine concentration (μmol/L) **          | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Interleukin-6,​ IL-6 (pg/​mL) ​                       | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Tissue Plasminogen Activator, TPA (ng/​mL) ​         | 
-| :::               ​| ​                                                  |Von Willebrand Factor, VWF (IU/​dL) ​                | 
-| :::               ​| ​                                                  |Red Cell Folate, RCF (nmol/​L) ​                     | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Lymphocytes (x109/​L) ​                              | 
-| :::               ​| ​                                                  |Mean Corpuscular Volume, MCV                       | 
-| :::               ​| ​                                                  |Mean Corpuscular Haemoglobin,​ MCH                  | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Mean Platelet Volume, MPV **                    | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Monocytes (x109/​L) ​                                | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Neutrophils (x109/​L) ​                              | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Platelet count (x109/​L) ​                           | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Platelet Distribution Width, PDW (%) **         | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Potassium (mmol/L) **                           | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Protein (blood), Total (g/L)                       | 
-| :::               ​| ​                                                  |Red Blood Cell, RBC, count (109/​L) ​                | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|White Blood Cell, WBC, count (109/​L) ​              | 
-|**Neuro-Endocrine** ​   |DHEAS (umol/​L) ​                                    ​|Cortisol (saliva) (nmol/​L) ​                        | 
-| :::               ​|Insulin Growth Factor 1, IGF-1 (nmol/​L) ​           |DHEAS (umol/​L) ​                                    | 
-| :::               |Sex hormone binding globulin, SHBG (nmol/​L) ​       |Insulin Growth Factor 1, IGF-1 (nmol/​L) ​           | 
-| :::               ​|Testosterone (nmol/​L) ​                             |Insulin Growth Factor 2, IGF-2 (nmol/​L) ​           | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Insulin Growth Factor IGF-BP3 (ng/​mL) ​             | 
-| :::               ​| ​                                                  |Sex hormone binding globulin, SHBG (nmol/​L) ​       | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Testosterone (nmol/​L) ​                             | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Thyroid tests (T3, T4) (pmol/​L) ​                   | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Thyroid Stimulating Hormone, TSH (mU/L) **      | 
-|**Kidney & Liver** ​    ​| ​                                                  ​|Calcium (mmol/​L) ​                                  | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Creatinine (blood, urine) (mmol/​L) ​                | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Phosphate (mmol/​L) ​                                | 
-| :::               ​| ​                                                  |Urea (nmol/​L) ​                                     | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Alanine Transaminase , ALT (IU/​L) ​                 | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Alkaline Phosphatase,​ ALP (IU/​L) ​                  | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Aspartate Transaminase,​ AST (IU/​L) ​                | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Albumin (blood, urine) (mg/​L) ​                     | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Bilirubin (mg/​dL) ​                                 | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Cystatin C (mg/L) **                            | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Gamma Glutamyl Transferase,​ GGT (IU/​L) ​            | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Glucose (urine) (dipstick) (mmol/L) **          | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Globulin (mg/​dL) ​                                  | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Ketones (urine) (dipstick) (positive/​negative) **    | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Liver Iron Concentration,​ LIC (%) **            | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Potassium (serum) (mmol/​L) ​                        | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Potassium (urine) (mmol/L) **                   | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Protein (urine) (positive/​negative) **          | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Sodium (urine) (mmol/​L) ​                           | 
-| :::               ​| ​                                                  |** Sodium (blood) (mmol/L) **                      | 
-| :::               ​| ​                                                  ​|Urate (g/L)                                        | 
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-=== DNA === 
- 
-Around 2,900 study members have given consent for DNA to be extracted 
-from blood and / or buccal samples and LHA was given ethical approval in 
-2007 to use these samples for genetic studies of lifelong health and 
-ageing. \\  
-Genetic studies help us to elucidate biological mechanisms of 
-ageing and understand why people with similar life experiences age 
-differently. 
- 
-The NSHD DNA Repository supports high calibre studies of human health 
-and disease that make the best use of the genetic resource in 
-conjunction with the existing life course data. Dr Andrew Wong 
-coordinates the genetic research of the NSHD and is responsible for 
-the safe storage and efficient use of the samples, which are managed 
-by Source BioScience. 
- 
-{{mrepo:​Guidance-NSHD_biological-samples.pdf|Further information}} on the access to the NSHD DNA Repository is 
-available.