mrepo:topics:biologicalsamples

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Next revisionBoth sides next revision
mrepo:topics:biologicalsamples [16/05/2018 @ 11:18] adammooremrepo:topics:biologicalsamples [03/10/2018 @ 16:42] nmpo
Line 17: Line 17:
 Stored biological samples available from [[questionnaires:1999|1999]] comprise of EDTA plasma, Stored biological samples available from [[questionnaires:1999|1999]] comprise of EDTA plasma,
 lithium heparin plasma, cell lines, and DNA.  The following tables list the current data available from these samples.\\ \\  lithium heparin plasma, cell lines, and DNA.  The following tables list the current data available from these samples.\\ \\ 
-{{mrepo:bloods_1999.jpg?600|Bloods collected in 1999}}+<HTML> 
 +<table x:str="" style="border-collapse: collapse; background-color: rgb(255, 255, 255); width: 900px;" border="2" cellpadding="2" cellspacing="2"> 
 +<tbody> 
 +<tr style="height: 12.75pt;" height="17"> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 100px;" x:num> 
 +<p><b>Order of Collection</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 100px;" x:num> 
 +<p><b>Blood Tube</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 300px;" x:num> 
 +<p><b>Analytes (destination)</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 200px;" x:num> 
 +<p><b>Repository aliquots</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 200px;" x:num> 
 +<p><b>Comment</b></p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>1</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>Buccal swabs</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>DNA (MRC-HBGU)</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>DNA</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>DNA quantified by Genprobe</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>2</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 3ml EDTA tube</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>DNA (MRC-HBGU)</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>DNA</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>Limited availability</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>3</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 2ml EDTA tube</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>DNA (MRC-HBGU)</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>DNA</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>Limited availability</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>4</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 6ml ACD tube</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>ECACC</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p> ECACC </p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>EBV transformed lymphoid cell lines created</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>5</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 4ml Lithium heparin tube</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>Cholesterol, HDL cholesterol, triglyceride (RVI) </p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>Lithium heparin </p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>Limited availability </p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>6</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 3ml EDTA tube</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>Red cell folate, plasma folate, plasma B12, plasma ferritin (RVI)</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>EDTA plasma</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>Limited availability </p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 +</tbody> 
 +</table> 
 +</HTML> 
 + 
 + 
 + 
 + 
 ---- ----
 \\  \\ 
Line 28: Line 162:
  
 DNA extractions were conducted on the EDTA tube used in the first round blood haematology analysis. Samples for lymphoid cell line transformations were originally collected in 1999; for those that did not previously provide a sample, one was collected in 2006-10. \\ \\  DNA extractions were conducted on the EDTA tube used in the first round blood haematology analysis. Samples for lymphoid cell line transformations were originally collected in 1999; for those that did not previously provide a sample, one was collected in 2006-10. \\ \\ 
-{{mrepo:bloods_0610.jpg?600|Bloods collected in 2006-10}}+ 
 +<HTML> 
 +<table x:str="" style="border-collapse: collapse; background-color: rgb(255, 255, 255); width: 900px;" border="2" cellpadding="2" cellspacing="2"> 
 +<tbody> 
 +<tr style="height: 12.75pt;" height="17"> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 100px;" x:num> 
 +<p><b>Order of collection priority</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 300px;" x:num> 
 +<p><b>Blood Tube</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 300px;" x:num> 
 +<p><b>Aliquots for first round blood analysis</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 200px;" x:num> 
 +<p><b>Repository aliquots</b></p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>1</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 2.7ml EDTA tube (EN1)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>None as sample was sent for haematology analysis</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>EN1 generated for DNA extraction</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>2</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 2.7ml EDTA tube (EN2)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p> None as sample was sent for HbA1c and red cell folate analysis <p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>None</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>3</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 2.7ml Fluoride tube (FL N1)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>FLA1 for glucose analysis</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>None</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>4*</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 7.5ml Lithium heparin tube (trace metal) (LH N1)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>LH INS for insulin; LH VITC for vitamin C analysis</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>LH B1, LH C1, LH C2, LH C3 </p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>5</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 8.5ml CPDA (for cell lines if required) (CP N1)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>None as sent to ECACC for cell lines</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>None </p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>6</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 7.5ml Serum tube (SE N1)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p> Samples from the two serum tubes were used to produce priority aliquots SE A1 for TFTs and SE A2 for analyses at NHR</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>SE B1, SE C1, SE C2</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>7*</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 7.5ml Serum tube (SE N2)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p> Samples from the two serum tubes were used to produce priority aliquots SE A1 for TFTs and SE A2 for analyses at NHR</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>SE B1, SE C1, SE C2</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>8*</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 4.9ml EDTA tube (E N3)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>None</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>E B1, E C1</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 +<tr > 
 +<td > 
 +<p>8*</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 10ml Citrate tube (CI N1)</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>None</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>CI B1, CI C1, CI C2</p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 + 
 +</tbody> 
 +</table> 
 +</HTML> 
 +*Blood tubes/aliquots not collected at remote home visits 
 + 
 + 
 + 
 + 
 + 
 \\ \\  \\ \\ 
 __Urine__ __Urine__
Line 46: Line 341:
 A number of assays have been undertaken and the remaining aliquots of EDTA, citrate plasma and serum are stored at the Bristol Bioresource Laboratories.  DNA extractions have been conducted at MRC Epidemiology, Cambridge, as per the 2006-10 samples.  \\ \\  A number of assays have been undertaken and the remaining aliquots of EDTA, citrate plasma and serum are stored at the Bristol Bioresource Laboratories.  DNA extractions have been conducted at MRC Epidemiology, Cambridge, as per the 2006-10 samples.  \\ \\ 
  
-{{mrepo:bloods_14.jpg?600|Bloods collected in 2014-16}}+<HTML> 
 +<table x:str="" style="border-collapse: collapse; background-color: rgb(255, 255, 255); width: 900px;" border="2" cellpadding="2" cellspacing="2"> 
 +<tbody> 
 +<tr style="height: 12.75pt;" height="17"> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 100px;" x:num> 
 +<p><b>Order of collection priority</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 300px;" x:num> 
 +<p><b>Blood Tube</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 300px;" x:num> 
 +<p><b>Aliquots for first round blood analysis</b></p> 
 +</td> 
 +<td class="xl22" style="text-align: center; width: 200px;" x:num> 
 +<p><b>Repository aliquots</b></p> 
 +</td> 
 +</tr> 
 +<tr> 
 +<td > 
 +<p>1</p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>1 x 2.7ml citrate</p> 
 +</td> 
 +<td> 
 +<p>None </p> 
 +</td> 
 +<td > 
 +<p>CIT101 – CIT104</p> 
 +</td> 
 +</tr>
  
 +<tr>
 +<td >
 +<p>2</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>1 x 5ml Serum</p>
 +</td>
 +<td>
 +<p> Cholesterol, HDL-, LDL-cholesterol, triglycerides<p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>SEA101 – SEA107</p>
 +</td>
 +</tr>
  
 +<tr>
 +<td >
 +<p>3</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>1 x 5ml Serum</p>
 +</td>
 +<td>
 +<p>None</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>SEA201 – SEA207</p>
 +</td>
 +</tr>
  
 +<tr>
 +<td >
 +<p>4</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>1 x 5ml Serum</p>
 +</td>
 +<td>
 +<p>None</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>SEA301 – SEA307 </p>
 +</td>
 +</tr>
  
 +<tr >
 +<td >
 +<p>5</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>1 x 4ml EDTA</p>
 +</td>
 +<td>
 +<p>HbA1c, haemoglobin, FBC, WCC</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>DNA </p>
 +</td>
 +</tr>
  
 +<tr >
 +<td >
 +<p>6</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>1 x 4ml EDTA </p>
 +</td>
 +<td>
 +<p> None</p>
 +</td>
 +<td >
 +<p>EN2_01 – EN2_05</p>
 +</td>
 +</tr>
  
 +</tbody>
 +</table>
 +</HTML>
  
  
  
 +----
 +\\ 
  
  
  
 +^       Biomarkers available since age 53. Biomarkers highlighted in bold are not present in other UK birth cohorts (as far as is known)  ^^^^
  
-^       Table 2  - Biomarkers available at age 53 and 63. Biomarkers highlighted in bold are not present in other UK birth cohorts   ^^^ +^System             ^Biomarkers at 53 years                               ^Biomarkers at 60-64 years                               ^Biomarkers at 68-70 years                        
-^System             ^Biomarkers at 53 yrs                               ^Biomarkers at 63 yrs                               ^ +|**Metabolic**          |                     |Adiponectin (μg/mL)                                |
-|**Metabolic**          |Cholesterol, Total (mmol/L)                        |Adiponectin (μg/mL)                                | +| :::               |Cholesterol, Total (mmol/L)                    |CholesterolTotal (mmol/L)                        |Cholesterol, Total (mmol/L)                        | 
-| :::               |Cholesterol, High density LipoproteinHDL (mmol/L)|Cholesterol, Total (mmol/L)                        | +| :::               |Cholesterol, High density Lipoprotein, LDL (mmol/L) |Cholesterol, High density Lipoprotein, HDL (mmol/L)|Cholesterol, High density Lipoprotein, HDL (mmol/L)| 
-| :::               |Cholesterol, Low density Lipoprotein, LDL (mmol/L) |Cholesterol, High density Lipoprotein, HDL (mmol/L)| +| :::               |Cholesterol, Low density Lipoprotein, LDL (mmol/L) |Cholesterol, Low density Lipoprotein, LDL (mmol/L) |Cholesterol, Low density Lipoprotein, LDL (mmol/L) | 
-| :::               |Triglycerides (mmol/L)                             |Cholesterol, Low density Lipoprotein, LDL (mmol/L) | +| :::               |Triglycerides (mmol/L                            |Triglycerides (mmol/L)                             |Triglycerides (mmol/L)                            
-| :::               |Glycated Haemoglobin, HbA1c (mmol/mol            |Triglycerides (mmol/L)                             | +| :::                                                                 |Glucose (nmol/L)                                   
-| :::                                                                 |Glucose (nmol/L)                                   |+
 | :::                                                                 |Insulin (pmol/L)                                   | | :::                                                                 |Insulin (pmol/L)                                   |
 | :::                                                                 |Leptin (ng/mL)                                     | | :::                                                                 |Leptin (ng/mL)                                     |
 | :::                                                                 |Lipoprotein[a] (mg/dL)                             | | :::                                                                 |Lipoprotein[a] (mg/dL)                             |
 | :::                                                                 |Proinsulin (pmol/L)                                | | :::                                                                 |Proinsulin (pmol/L)                                |
-| :::                                                                 |Glycated Haemoglobin, HbA1c (mmol/mol)             |+| :::               |Glycated Haemoglobin, HbA1c (mmol/mol)             |Glycated Haemoglobin, HbA1c (mmol/mol)             |Glycated Haemoglobin, HbA1c (mmol/mol)            |
 |**Diet & Iron Markers**|                                                   |Ferritin (ng/mL)                                   | |**Diet & Iron Markers**|                                                   |Ferritin (ng/mL)                                   |
-| :::                                                                 |Haemoglobin, Hb (g/L)                              |+| :::                                                                 |Haemoglobin, Hb (g/L)                              |Haemoglobin, Hb (g/L)                              |
 | :::                                                                 |** Iron (μg/dL) **                                 | | :::                                                                 |** Iron (μg/dL) **                                 |
 | :::                                                                 |Vitamin C (μmol/L)                                 | | :::                                                                 |Vitamin C (μmol/L)                                 |
 | :::                                                                 |Vitamin D3 (250HD3) (ng/mL)†                       | | :::                                                                 |Vitamin D3 (250HD3) (ng/mL)†                       |
 |**Inflammatory**                                                         |** Anti-Thyroperoxidase, TPO (IU/mL) **            | |**Inflammatory**                                                         |** Anti-Thyroperoxidase, TPO (IU/mL) **            |
-| :::                                                                 |Basophils (x109/L)                                 |+| :::                                                                 |Basophils (x10<sup>9</sup>/L)                                 |Basophils (x10<sup>9</sup>/L)                                 |
 | :::                                                                 |C-Reactive Protein, CRP (mg/L)                     | | :::                                                                 |C-Reactive Protein, CRP (mg/L)                     |
-| :::                                                                 |Eosinophil (x109/L)                                |+| :::                                                                 |Eosinophils (x10<sup>9</sup>/L)                               |Eosinophils (x10<sup>9</sup>/L)                                |
 | :::                                                                 |Fibrinogen (g/L)                                   | | :::                                                                 |Fibrinogen (g/L)                                   |
 | :::                                                                 |** Homocysteine concentration (μmol/L) **          | | :::                                                                 |** Homocysteine concentration (μmol/L) **          |
Line 88: Line 488:
 | :::                                                                 |Von Willebrand Factor, VWF (IU/dL)                 | | :::                                                                 |Von Willebrand Factor, VWF (IU/dL)                 |
 | :::                                                                 |Red Cell Folate, RCF (nmol/L)                      | | :::                                                                 |Red Cell Folate, RCF (nmol/L)                      |
-| :::                                                                 |Lymphocytes (x109/L)                               |+| :::                                                                 |Lymphocytes (x10<sup>9</sup>/L)                               |Lymphocytes (x10<sup>9</sup>/L)                               |
 | :::                                                                 |Mean Corpuscular Volume, MCV                       | | :::                                                                 |Mean Corpuscular Volume, MCV                       |
 | :::                                                                 |Mean Corpuscular Haemoglobin, MCH                  | | :::                                                                 |Mean Corpuscular Haemoglobin, MCH                  |
 | :::                                                                 |** Mean Platelet Volume, MPV **                    | | :::                                                                 |** Mean Platelet Volume, MPV **                    |
-| :::                                                                 |Monocytes (x109/L)                                 | +| :::                                                                 |Monocytes (x10<sup>9</sup>/L)                                 |Monocytes (x10<sup>9</sup>/L)                                 | 
-| :::                                                                 |Neutrophils (x109/L)                               | +| :::                                                                 |Neutrophils (x10<sup>9</sup>/L)                               |Neutrophils (x10<sup>9</sup>/L)                               | 
-| :::                                                                 |Platelet count (x109/L)                            |+| :::                                                                 |Platelet count (x10<sup>9</sup>/L)                            |Platelet count (x10<sup>9</sup>/L)                            |
 | :::                                                                 |** Platelet Distribution Width, PDW (%) **         | | :::                                                                 |** Platelet Distribution Width, PDW (%) **         |
 | :::                                                                 |** Potassium (mmol/L) **                           | | :::                                                                 |** Potassium (mmol/L) **                           |
 | :::                                                                 |Protein (blood), Total (g/L)                       | | :::                                                                 |Protein (blood), Total (g/L)                       |
-| :::                                                                 |Red Blood Cell, RBC, count (109/L)                 +| :::                                                                 |Red Blood Cell, RBC, count (x10<sup>12</sup>/L)                   |Red Blood Cell, RBC, count (x10<sup>12</sup>/L)                   
-| :::                                                                 |White Blood Cell, WBC, count (109/L)               +| :::                                                                 |White Blood Cell, WBC, count (x10<sup>9</sup>/L)                 |White Blood Cell, WBC, count (x10<sup>9</sup>/L)                 
-|**Neuro-Endocrine**    |DHEAS (umol/L)                                     |Cortisol (saliva) (nmol/L)                         | +|**Neuro-Endocrine**    |                                     |Cortisol (saliva) (nmol/L)                         | 
-| :::               |Insulin Growth Factor 1, IGF-1 (nmol/L)            |DHEAS (umol/L)                                     | +| :::               |DHEAS (umol/L)            |DHEAS (umol/L)                                     | 
-| :::               |Sex hormone binding globulinSHBG (nmol/L)        |Insulin Growth Factor 1, IGF-1 (nmol/L)            +| :::               |Insulin Growth Factor 1IGF-1 (nmol/L)            |Insulin Growth Factor 1, IGF-1 (nmol/L)        
-| :::               |Testosterone (nmol/L)                              |Insulin Growth Factor 2, IGF-2 (nmol/L)            |+| :::                                            |Insulin Growth Factor 2, IGF-2 (nmol/L)            |
 | :::                                                                 |Insulin Growth Factor IGF-BP3 (ng/mL)              | | :::                                                                 |Insulin Growth Factor IGF-BP3 (ng/mL)              |
-| :::                                                                 |Sex hormone binding globulin, SHBG (nmol/L)        | +| :::               |Sex hormone binding globulin, SHBG (nmol/L)                                                   |Sex hormone binding globulin, SHBG (nmol/L)        | 
-| :::                                                                 |Testosterone (nmol/L)                              |+| :::               |Testosterone (nmol/L)                              |Testosterone (nmol/L)                              |
 | :::                                                                 |Thyroid tests (T3, T4) (pmol/L)                    | | :::                                                                 |Thyroid tests (T3, T4) (pmol/L)                    |
 | :::                                                                 |** Thyroid Stimulating Hormone, TSH (mU/L) **      | | :::                                                                 |** Thyroid Stimulating Hormone, TSH (mU/L) **      |
Line 134: Line 534:
  
  
- 
-----  
- 
-=== DNA === 
- 
-Around 2,900 study members have given consent for DNA to be extracted 
-from blood and / or buccal samples and LHA was given ethical approval in 
-2007 to use these samples for genetic studies of lifelong health and 
-ageing. \\  
-Genetic studies help us to elucidate biological mechanisms of 
-ageing and understand why people with similar life experiences age 
-differently. 
- 
-The NSHD DNA Repository supports high calibre studies of human health 
-and disease that make the best use of the genetic resource in 
-conjunction with the existing life course data. Dr Andrew Wong 
-coordinates the genetic research of the NSHD and is responsible for 
-the safe storage and efficient use of the samples, which are managed 
-by Source BioScience. 
- 
-{{mrepo:Guidance-NSHD_biological-samples.pdf|Further information}} on the access to the NSHD DNA Repository is 
-available. 
  
  • mrepo/topics/biologicalsamples.txt
  • Last modified: 9 months ago
  • by director